تحتوي مستشفى المدائن على خمس غرف عمليات – ثلاثة منهم غرف عمليات كبرى واثنتين صغرى مجهزين بأحدث الأجهزة الطبية والتقنيات الحديثة مما يجعلهم قادرين على احتواء أي عملية جراحية مطلوبة بالإضافة الى الطاقم الطبي والفني المختص القادر على تنفيذ العمليات الصغرى والكبرى حسب اختصاصه وبأعلى حرفية.